明崇禎十三年（1640）始建，清順治十八年(1661)遷界時毀，康熙二十六年(1687)靖海候施瑯重建。祠占地面積約1500平方米，坐北向南，由門、正廳、后堂及廂房組成，前設院埕。正廳面闊五間，進深二間。正廳及后堂前有石鋪天井。主體建筑與廂房之間有火巷。祠內存清康熙二十八年（1671）施瑯撰《衙口施氏大宗祠記事碑》，康熙皇帝褒獎施世倫的“天下第一清官”匾額。